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イベント企画中:  生態学的化学量論を機軸とした捕食―被食関係の総合理解を目指す
 第53回日本生態学会大会自由集会 (@新潟):2006年03月

(deadline)
学会:JES53@新潟:ポスター要旨 ⇒06年01月11日

(active)
90 モデル:"生態化学量論にもとづく最適摂餌選択と食物網の進化" ⇒計算中
80 モデル:"生態化学量論にもとづく最適摂餌選択と食物網の進化" ⇒まとめ

(waiting)
30 投稿中:"Effects on temporal and spatial heterogeneities created by Consumer-driven Nutrient Recycling on algal species diversity."

(sleeping:: commented out)



12月31日(Sat)

 今年は帰省せず、自宅の大掃除など。

 TVをつけっぱなし流しっぱなしにしてたら、紅白(NHK)でヒビキさんが出ていた。1視聴者としては、局(朝日)の垣根とかは知ったことじゃないので、単純にちょっと嬉しかったり。予算絡みのゴタゴタとかいろいろあったけど、結局、番組そのものより役者(細川)さんのファンになったかな、と。

 ここ数日、自宅作業。
 忘年会とかで明け方まで呑んだくれるとかやってました…。

 ようやく1種系(種内)モデルの進化確率の計算が終了。 計算機の性能に対して、人間(僕)の性能が追いついてない感がある。作図作業と称して色々と遊んでるってのも元凶の一つなんだけど、ね。残すところ、2種間のniche類似度とシステムの帰結、競争種数>資源数、多種-多種、と、色々とやることが残っていて、えーと、後10日くらいでホントに終わるんだろうか、不安だ…

 今更ながら、zsh::repeat(repeat自体はtcshにもあるんだけど)の便利さに気付いたり。repeat [N]で、N回のスクリプトの繰り返しになるので、(タイムスタンプ制御さえされてれば)あんまり考えなくても必要なレプリケート数が回収できてしまう。まともにスクリプト組めばこの辺気にしなくてもいいのだけど、適当にやっちゃう人間としては実にお手軽で便利だ。


12月28日(Wed)

 午後過ぎ、研究室。
 徒歩にて研究室、データ整理、お絵かき試行錯誤、計算条件試行錯誤、などなど。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 消費者に種間の類似度ごとにシステムの挙動を別けた図、のお絵かきの為にあれこれ試行錯誤。

まっぷ失敗版(上図)と完成版(下図)

 とりあえず計算結果はまだ出てなかったりするんで、ダミーのデータで書いてみる。
 用意するデータは、先日のスキップを利用して下記のように、各条件(X,Y)ごとにどの挙動になったのかを記述してやれば良い(最終的な結果を1、それ以外を-にしてやる)。

#X	Y	S+S	S+G	C.E.
1	1	1	-	-
1	2	-	1	-
1	3	-	1	-

2	1	1	-	-
2	2	-	1	-
2	3	1	-	-

3	1	1	-	-
3	2	-	-	1
3	3	-	1	-

で、このデータを3次元プロットしたものが右図。失敗版(上)と完成版(下)。set view 0,0を指定して3次元プロット図を俯瞰図に見せるのと、z軸の目盛り値を消すのがポイント。矢印はオマケ。

set view 0, 0
set noztics

set arrow 1 from 2.2,2 to 2.8,2 lt -1 lw 3
set arrow 2 from 2,1.8 to 2,1.2 lt -1 lw 3

sp 'map.dat' u 1:2:3 t "S + S:" w p pt 8 ps 3, \
''           u 1:2:4 t "S + G:" w p pt 9 ps 3, \
''           u 1:2:5 t "C.Excl:" w p pt 11 ps 3

 しかし、今週に入ってから計算条件の見直しと、お絵描きしかしてないな…。


12月27日(Tue)

 午前中、私用。正午過ぎ、研究室。
 10日ぶりくらいにバイクで研究室。割とシアワセ。しかし夜遅くなると道が凍って危険なので、早めに撤収しなければならぬので良いのだか悪いんだか。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。

まるち図

 結果の要点を箇条書きしながら、対応する絵のお絵かきスクリプティング。毎度のコトながらmultiplotを多用しまくる所為でごちゃごちゃ。それぞれの結果から議論できそうなこともぼちぼ書き留めてはいるけど、こちらはまだまだ散漫。

 併せて新規計算の追加と条件の更新。計算機の利用台数を増やしました。

 とりあえず1月11日の締め切りに向けてひとまず要旨書き。一通り書いたけどかなり微妙な出来なので一旦保留。先に結果の要点整理に専念しよう。とはいうものの、あと2週間程度で締め切りなのでボヤボヤもしていられない。


12月26日(Mon)

 週末は河田邸にて河田研の忘年会、仙台にきた友人の迎撃、自宅PCのCPU買い替えなど。

 秋頃に自宅のPCを自作してからはや二ヶ月ほど。いまいち作業処理が向上しなかった理由が判明。今使っているM/Bが、サブドライブとして使っている大容量HDDに出荷状態で不十分な対応しかしておらず、転送モードがUDMAではなくてPIOで動作していたために、サブドライブにアクセスするために猛烈な処理落ちが発生していたらしい。メーカから出ている最新ドライバを当てて解決。

 あわせて、載っかっているCPUをCeleronDからP4に買い替え。L2が256Kb⇒1MなのとHT対応で一気に快適になった。やはりいくら安くてもせれろんはやはり絶望的にトロい…。

 以上、友人に聞きつつ解決したのだけど、指摘されなきゃHDDのモードなんて気付く以前にそもそも知らなかったわけで、知識がないというのはそれ自体が足枷になる、というのを実感した。

 あさおき、読書。
 『虹の家のアリス』(加納朋子)、読了。シリーズ続編がようやくの文庫化。といいつつ、今月出るまで知らなくて、アンテナ下がってるなあ…。

 午後、自宅作業。夕刻、本を買いに外出。つい最近、自宅から歩いて5分のところに本屋が出来て、じいちゃんが一人でやってる小さい本屋なのだが、漫画の新刊が充実していて重宝する(しかもじいちゃんが結構詳しい)。20時までしかあいてないので普段は致命的なのだが。
 そういえば、新しく出来た本屋といえば、青葉通り一番町のバス停前にもあゆみ書房が開店していた。こちらは24時まで。片平からなら便利、かな。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 消費者のパラメータをランダムに設定した種内競争のモデルで、specialistへの進化確率をを算出できるようにコードとスクリプトをちょっと手直し。計算の特性上、今回は膨大なレプリケート数が必要になるな。とりあえず8条件・20レプリケートでやるとして、計算量が16000か。一回の計算が3分弱と仮定しても3週間くらいかかる計算になるな。計算機の使わせてもらう台数を増やすか。

 作図続き。大まか片付いたんで、次はこれをどういう話にするか、だな。


12月22日(Thu)

 あさ、自宅作業。
 昨日早めに撤収してそのまま寝たら、夜明け前に目が覚める。そのまま本読んで論文眺める。どうにも生活リズムが崩れっぱなし。

 午後から、雪混じりの雨の降るなか、私用でしぶしぶと町へ。そのまま夕刻前、研究室。町から青葉山まで徒歩で向かっていたのだけど、吹雪かれてやむなくバス停に避難、バスで青葉山。

 gnuplotのデータ点スキップ。

データ飛ばし  読み込みデータファイルの一部に値の存在しない点がある場合、数値の代わりに"-"を置いておけば良い。ということを何年も使ってきたのに知らなかった。

# sample of datafile:"sample.dat"
1	1	2 
2	1.5	- 
3	-	5 
4	3.7	4.

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 食物網に関連する話題が徐々に少なくなっている、嬉しくないなあ…。

 今週は作画週間、試行錯誤しつつ色々とお絵描き(用のスクリプティング)。種内競争のほうでランダムなパラメタライズをしてる計算で、計算結果が下がり止らず条件を追加してさらに計算中(追記:結局、追加した条件で下げ止まった)。それほど意味のある出力でないし、拘り過ぎずに適当なところで退くのが良いのかもな。

 で、データの整理しながら作図アレコレしてるうちに、2種間競争モデルの方でぜんぜん計算してないのが大量に残っていることが発覚。そちらの方の計算を開始。日付が変わってデータ整理完了、作図途中までのところだけど撤収。


12月21日(Wed)

 あさ、研究室。
 午前中、セミナー(カ)。担当は斎藤君で修論途中経過報告。島に住む陸棲巻貝を用いて、隣接する異質性のhabitatへの移動分散よりも、遠くにある同じhabitatへの移動分散の方が大きいかも、という話? 各種データが見づらいのとどういう意図で提示されているのか、ちょっと判りにくかった。

 午後、大掃除。
 計算機部屋の大整理担当。往時には「歴代のMacの博物館」とまで謳われた河田研の計算機室。何年も前に本体が処分されて使い道のなくなった周辺部品やソフトパッケージなどが大量に残っている。河田先生に確認を取りながらあらかたを処分。

 午後過ぎ、セミナー(マ)。
 前半担当は、千葉さんで研究紹介。自分の哲学のために研究をしてたらいつのまにか保全の役に立ってた、という内容。小笠原における陸棲貝類では、集団サイズを維持できる生息地面積が極めて小さくてすむのに加えて、近年の絶滅要因が侵入種による捕食であるため、従来の保全策に見られるような大きなhabitatを残すよりも、小さなhabitatを出来るだけたくさん聖域化して保護する方が有効であるという話。あと、夏に赴いた調査探検記。
 今回はギャグ少なめだったけど、相変わらず隙のない講演で、突込みどころを思い付くたびに「この点には〜という問題点があるが…」と先回りされる。僕如きがその場で思い付くような案件は当然考慮が済まされていて、それだけ完成度の高い内容ということなんだろうけども、毎回、千葉さんのセミナーを聴くたびに手玉に取られているような気分になる。

 後半担当は、三浦(大)君で修論途中経過報告。エンマコオロギの鳴き方が系統関係になかなか合いません、というような話。

 戻ってきて、計算条件をいじって再計算追加。trade-offのペナルティを下げてみると、まあそれなりにそれっぽい。ま、最終的にはgradualな、というよりはむしろ強弱の二項で比較して見せるという形になるのかな。

 めも:"カプコン、PC版「鬼武者 3 PC」で2画面同時プレイを実現。"
 あまりにも面白すぎるんでメモしとこう。たぶん将来的に1プロセスに1CPUを割り当てる時代がくると予想しての布石に違いない。きっとそうだ。

デュアルコアのメリットを最大限に活かすためには、2画面同時プレイしかないと判断したという。(中略)「鬼武者 3 PC」の2画面化は、単なる二重起動で、それぞれ個別のアプリケーションとして機能する。(中略)音声は、最初に起動したほうが優先される仕組みだ。

 これは、そう、富豪的プログラミングのひとつの終着点であって『こういう発想は旧世代のプログラマには無理だよねー』という挑発なのだ、多分。…誰か止めてあげなかったのかなぁ。


12月19日(Mon)

 午後、研究室。
 午前中、自宅で論文を眺めてから、昨日・一昨日と降り積もった雪に足をとられつつ、徒歩で研究室。

 午後すぎ、セミナー(マ)。
 前半担当は、田辺君による研究紹介。簡単には分子進化モデルの選択がいかに不適切な使い方をされているか、という感じだったのだが、相変わらず職人気質というか、例えるなら、足し算掛け算くらいは判る小学生(僕のこと)に対して微積分の数値計算における差分化技法の良し悪しを比較して議論する、ような感じ?

 後半担当は、中井さんによる貝類の殻生産によるecosystem enginneringについてのmini review。簡潔に纏まっていたけど、もう少し個々の事例を掘り下げてくれると面白かったのかも。

 セミナー終了後、占部さん謹製の占部研における修論書きのガイドラインを拝見する。『これ論』の即戦力版ダイジェストというか、実にこと細かに指定されていて、このとーりに書けば修論が完成、という手取り足取りな内容。相変わらず過h、あわわ、丁寧できめ細かい指導だ。

 戻ってきて、夕刻、大槻君の研究用のスクリプト書き下請け作業。遺伝子配列セットから特定のトリプレットを検索して、全てのセットでの該当する位置にあるトリプレットを削除する。まあそれだけの簡単な処理なのだけど、あるセットに該当のトリプレットが含まれているかを探して、その位置の3塩基分を全てのデータから手作業で取り除くという冗長な作業。
 こういう面倒なのは手作業でやんないでスクリプト処理に掛けるのが安全、ということで、1.5時間ほど作業。split()とsubstr()を取り違えるという実に間抜けな勘違いに気づかないのが今回の敗因。間違えては思い出しつつ書くので、無駄に時間が掛かる。


12月17日(Sat)

 ふるいアルバムなど引っ張り出して聴いてたり。Fuelの"Won't Back Down"、今聴いてもかっちょえー。プロモ映像の退廃的な感じなのがまた良い。
 もう一曲、もっと古いので、"ANOTHER ONE BITES THE DUST"(QUEEN)。この並びだと実に節操がないけど、抜群にカッコヨイよね、バイツァダスト。

 自宅作業。
 じりじりと、ジリ貧。


12月16日(Fri)

 午後、研究室。
 論文読んで論文読んで論文読んで、論文紹介聴いて聴いて、論文読んだ一日。まあたまにはこういう日もあるというか。

 午後過ぎ、輪読会(占)。
 時間変更数回、夕刻から開始。連絡網の不備なのだが、うーむ。

 今日のセミナーは二方とも非常に面白い論文を用意していて、実に有意義な内容だった。明日からまた出張とのことで、占部さんはお疲れ気味だったけど、やはり栄養学的な視点が急務かもというような、雑談とは言えども示唆に富む内容なのだった。河田研と違って、コンセンサスとして面白さを共有できる雰囲気というのは、それ自体が羨ましいと思ったりもする。

 前半担当は、清水君で、Plath and Boersma(2001), "Mineral limitation of zooplamkton: stoichiometric constraints and optimal foraging", Ecology(82,S5):1260-1269. の紹介。大筋としては、質の良い(P含量の高い)餌で育ったミジンコは摂餌努力をしなくなって成長率が低減する。これは何故ならば、野外ではリン制限が一般的であり、ミジンコは生理的にリンの獲得量に対して(おそらく)センシティブであるために、Pが十分にあれは餌(炭素)の取り込みをしなくなる。このためリンが過剰な餌環境では成長率が低下する、という内容。餌のC:P比と獲得努力によるエネルギーロスを考慮した上で、成長率がどのように予測されるかという点で、実に完成度の高い緻密な実験研究をしていると感じた。面白い、とても面白い論文。
 (ちょっと意地悪だったかなとは思うけど)Reynolds数がどうこうという細かい質問をしたけど、きちんと細部的な部分もフォローできているうえで、この論文の面白さを損ねず紹介しつつ、自分の現在の研究進捗状況まで報告できる清水君はすごいと思う。

 後半担当は、和気さんで、Elert et al.(2003), "Absence of sterols constrains carbon transfer between cyanobacteria and a freshwater herbivore(daphnia galeata), Proc. R. Soc. Lond. B.(270):1209-1214. の紹介。不飽和脂肪酸の欠如がミジンコの成長制限であるという先行研究に対して、実は、藍藻の餌としての質の悪さは、食べやすさ(形態・サイズ)でも不飽和脂肪酸でもなくコレステロールの含有量である、という実験的な証拠を突きつけた研究。図を見れば一目瞭然というか、実に簡潔で示唆に富む研究。

 速報(計算組情勢):現在の河田研(計算機組)において、計算量的最大勢力として対立している津田君とマサヤ君のあいだで、これまで、計算機をどれだけ寡占できるかが彼らにとっては死活問題となってきた。現在まで、お互いの領有権をめぐって覇を競っていた両者だが、このたび、それぞれの使用する計算機を棲み分けるという形で休戦協定が締結されたと伝えられた。しかし、当記事のインタビューに対して「今回の合意はあくまで一時的な休戦であって、最終的な和平合意ではない」と、強気の姿勢を見せており、いましばらくは混迷の状況が続くものと思われる。
 さらに、情勢は依然として不安定のまま、新規の有力勢力と目される山口さんが来月には参戦すると見込まれており、領有権をめぐる新たな戦争の火種として懸念を募らせている。
 なお、すでに独立自治領を確立したとみられる水野さん、および、ゲリラ的に計算機に出没し、即時計算・即時撤退を繰り返しているカト(…僕なんだけど)といった旧外部勢力は、今回の事態に対し、これまでどおり静観の構えを見せている。


12月15日(Thu)

 午前中、おしごと。
 実技試験。皆、普段の授業とは比較にならん程必死にやるんで、トラブルの方も普段より嵩む(しかも見たことないようなトラブルを引き起こしてくれる)。平常の五割増しくらい疲れる。午後まで。

 午後、散髪に行ったあと、あれこれ買い物その他私用。陽は出ていているのだけど、ちょっとした日陰が凍っていて怖い。

 夕刻、歩いて研究室。計算結果の整理続き⇒論文読み。種内競争の結果を主軸に据えた方が話の筋が良さそうかも、とか、多種系拡張で「競争排除則と多種共存」に関して新しい話ができるかも(ただし結果が出ない予感…)とか、物理的な進展なし。

 全く並行して、修士(後半)の研究のコンパクトな纏め方を今更ながら思いついた。あのお荷物モデルの処分先として、競争種の時空間的交代な話と系の生産性で簡潔に、というアイデア。生産性が強い感受性を持つだろうけども、それでもやっぱりASS、みたいな。とりあえず要点だけ整理しておいて(紙にメモしただけ、だが)、あとからいつでもサルベージできるようにしておくことにする。たぶん暫く放置。
 唐突に思い出した理由は、昨日、山口さんから彼女のモデルのあらましを聞いたため。実にミジンコモデルから空間構造とstoichiometryを引いて遺伝子を足せば、ほぼ彼女のモデルそのままの構造になる。無論、このモデルを使って「何をやるか?」という用途がまったく違うワケだけど。計算条件の都合上、「引いて」の部分はオプションで簡単にパージできる設計になってるんで、手元には(ほぼ)完成版が眠ってたりする。頑張ってるみたいだし、まあ修行になるんだろうから良いか。

 同じく修士(前半)のときの、底生植物vs藍藻なモデルは、当時、横山さんにあれこれと訊きまくって丁寧に逐一教えてもらったにもかかわらず、結局すべてを無駄に食いつぶして箸にも棒にもというか、ダメすぎてどーにも救いようがない…。


12月14日(Wed)

 午前中、研究室。
 午前中、セミナー。担当は山本君で修論途中経過報告、だったのだけど、大幅遅刻。ここ暫くの風邪といい今日の遅刻といい、幾らなんでも弛み過ぎ・腑抜け過ぎで、猛省が必要だ。

 計算機室関連、相変わらずよく判らないトラブルが続く。今回はMacどものネットワークの不調。HUBの故障か?

 夜、山口さんとモデル談義。割と長々とやった割りに在り来たりの事しか言えず、あまり適切なアドバイスにならなかった。

 gnuplotで箱ヒゲ図作成。
 最近w3mで表示確認しなくなってきたんで、わざわざcssに書き足してイメージを埋め込んでみるテスト。…はどうでも良いとして、以下のようなデータとスクリプトを用意する。

箱ヒゲ図右図のような箱ひげ図が書ける。

 このデータとスクリプト自体は、付属のデモファイルを極端に簡略化しただけの代物なんだけど、データの読み込み指定順番が実に面倒で、これ、何とかならないものか。

# sample of datafile:"HAKOHIGE.dat"
#X	Min	1/4	med	3/4	Max
1	1	2 	2.4	5	6.
2	1.5	3 	3.5	4	5.5
#3	4.5	5 	5.5	6	6.5
2.5	3.7	4.5 	5.0	5.5	6.1

 スクリプト。

# sample of scriptfile:"HAKOHIGE.dat"
# quod vide original script "candlesticks.dem".

set xrange [0:3]
set yrange [0:8]
set title "HAKOHIGE-samples"

set style fill empty
set boxwidth 0.2

#For plotting BOXERR: using X:"1/4":Min:Max:"3/4"
#for plotting MEDIAN: using X:med:med:med:med

plot 'HAKOHIGE.dat' using 1:3:2:6:5 with candlesticks lt 3 lw 2 notitle, \
     ''             using 1:4:4:4:4 with candlesticks lt 1 lw 2 notitle

 普通に考えたらRでやった方がより詳細な指定とかできると思う。Rと違ってデータの処理はしてくれないので自前で上のようなデータファイルを用意してやる必要があるのも二度手間。わざわざgnuplotで箱ヒゲ図を作成する理由は、単純に僕が新しいツールに移行できてないからというだけ。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 全体のストーリーラインを纏め中。割といろんな結果を採っている割には、纏めてみるとウスい。割と明確に出てるけど、こんだけ?というかんじで、当初の目的に答えてるだけで面白い議論にならない。利用は簡単で、全体的に周辺の研究事例に対するカバーが薄すぎて、今扱っているテーマをグローバルなトピックに還元できてない。そんなところか。

 メモ:"Increase in Activity During Calorie Restriction Requires Sirt1"
 カロリー摂取制限をすることによって活動性の向上や寿命延長が起きることは割とよく知られていているのだけど、今回の研究によって哺乳類でも遺伝的な根拠があったようだ、という報告らしい。

 エネルギー制約的でない状況というのが、実際に野外でどのくらい起こっているのかの見積もりにはまだまだ明らかになっていない部分も多い。しかし、これまでの研究においては、エネルギー以外の資源が律速になるという議論はあっても、エネルギー過多自体にどのような弊害があるのかという議論はおそらくあんまりない。
 これは、Loladzeたち(2000)の議論が生産者に限定せず普遍性を持っている(これはまあ多分そうだろう)という話とは厳密には一致してなくて、特にr戦略的な生物を考えた場合、生活史のうえでエネルギーの採り過ぎそのものが制約になるかもしれない、という話。このことは、のちのち機能的な部分が解明されることを期待すると、消費者(動物)のホメオスタシスとか生活史(生活習慣)的なモデルを考えるときに結構面白い要因になってくるのじゃないだろうか。


12月13日(Tue)

 風邪のため、ここ3日ほどダウン。当人が不調に沈んでいても、計算機は勝手に働いてくれる、というのがせめてもの救いではある。
 9日締め切り(必須)のプログラム原稿提出は既に7日に済ませていたのが幸いした。

 午後過ぎ、研究室。
 思いついて、種内競争のほうでもランダム計算中。

 当初のコンセプトを思い出すのと整理しなおすために、モデル部分の文書化を再開。繁殖に関する記述部分と遺伝子型の説明についてうまい説明方法がわからないんで、とりあえずKawata(2002)を丸侭真似て書いてみる。摂餌選択と適応度の計算部分は前回のモデルの説明から割と流用。
 現状で、モデル部分の説明が全体で3ページ(日本語)。これでも前回のモデルよりははるかに分量は減っているとはいえ、もっともっと切り詰めて簡潔な説明にできそうだ。


12月09日(Fri)

 正午過ぎ、研究室。
 どーも風邪っぽくて、朝のうちはダウン気味。とはいえ論文ゼミの担当が当たってたりするので寝てるわけにもいかず。

 で、研究室に出てきてみたら計算機どもが全滅していた。どうやら容量の配分計算を間違えてたらしく、昨日未明にブレイカーが落ちたらしい。まあ、計算機の方は(まだこの時期なら)計算をやり直せばよいというくらいの被害ですむのだが、問題は、同じ電源系とうからサーバの電源も取っていて、MLサーバが半日ほど落ちていたという洒落にならない事態に陥っていた。

 電源系統を半分ずつに分けたり、エラーチェックやシステムのリカバリ処理などさせ照るうちに午後過ぎ。

 午後過ぎ、輪読会(占)。前半の自分の担当分は今回は割とマジメに準備をしたのもあって恙無く終了、評価としては65点くらいは貰えるだろう。で、そこでスイッチが切れてしまい、その後の加藤さん担当分と、その後にあった何とかいう方のセミナーはまったく頭に入ってこなかった。

 夕刻過ぎに研究室に戻るも復調せず。駄目になった計算を再計算させるための処理をさせつつ、本日ははやめに撤収。


12月08日(Thu)

 正午過ぎ、研究室。
 午前中、自宅作業ののち、用事で町をうろうろしてから研究室。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 2種競争(ランダム)続き。さまざまな共存パターンが観察できるのだが、一番の収穫はgeneralist同士の共存には、互いの競争能力にかなり強力な対称性が必要である、ということが判った点。しかも、他のケースでは競争者同士が互いの資源を無駄に食い潰し合ってるのと比べて、対称性が存在する状況下では、はるかに高いパフォーマンスでシステム内の資源を利用しつくす(無駄にしない)点もかなり面白い。
 まあ、答えから言われてみれば、きわめて当たり前な感じではあるのだが、案外、状況を目の当たりにしないと可能性を認識できないものだ。単純に自分の考察が浅いといえばそれまでだけど。

 とりあえずのところは、競争者相手と競争能力にtrade-offがあってもなくても(形質値自体がtrade-offになってるので)排除が起きることはあまりない。しかし、その共存パターンは大きく異なるという話。このあたり、もしかすればTilman(1982)の資源比率モデルとかGrover(何年だっけ)の話にうまいこと載っけられるというより、包含した形で話ができるかもしれない。
 まあ、可能性の話はさておき、観察されるパターンは対称性があったときの方がはるかに多様かつ面白い(ように見える)ので、そっちを優先すべきなのかも。

 いずれにせよ、に種競争までの結果は大体出揃いつつあるので、現段階は、話の組み立て方を纏めて、どういうデータの纏め方にするかを考えるフェーズ。


12月07日(Wed)

 朝、研究室。午前中、セミナー。
 担当は大槻君で、修論の進捗報告。結果がここまで出ています、という話だったので、修論としてのストーリーの組み立てはこれから、という感じかな。

 3月、新潟の宿の予約。24:in-28:outの計4泊で15000円弱に抑えられた。といいつつ、よくよく考えたら、広島(実家)⇒博多だっけ?(不参加)⇒仙台(自宅)⇒つくば(2泊のみ)⇒釧路(ライダーズハウスと民宿)⇒大阪(妹氏宅連泊)と、過去最高値を更新してはいるわけだが。

 午後、金曜日の輪読会(占)の準備。さっさと済ませてから、ためまくっていた計算結果の整理。こまめに整理しなかったせいで、ダブリや漏れが幾つか。どーもいかんなあ。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 昨日の思い付きを実現するに当たって、よくよく考えたら、競争車間のオー場ラップに関しては、designedな値を決め撃ちにせずにランダムに当てて、ひたすらレプリケートを採ってやる方が良さそうな気がしてきた。前回のモデルでは計算時間の都合上断念したが、今回のモデルの要求計算時間量なら1000や2000ごときレプリケート数なんぞワケもない。

 というわけで、スクリプトを一部書き直して計算機に放り込む。…あ。解析結果を頻度で出すように書き換えるの忘れてた。さいわい(?)今回は計算量がかなりあるんで、計算が終わるまでに解析モジュールを書き換えなおすとするか。


12月06日(Tue)

 午後過ぎ、バイト⇒研究室。
 データを眺めつつ論文読み。摂餌戦略のパターン分岐の話はレプリケート間で平均化するんじゃなくて、レプリケート中で各シナリオが何回出現するかという頻度にしたほうがよいのかも。


12月05日(Mon)

 自宅周辺の雪が残っていなかったのに油断して、バイクで研究室…雪上バイクをする羽目になって死ぬかと思った。街中と青葉山の気候区分が違うのをすっかり失念していた。何年仙台に居るのか。

 午前中、研究室。
 雑用と計算結果の回収。種間競争のほうの計算はフルでやらせると、思った以上に時間が掛かってるな。早め早めに手を打たないと困るかも。

 自由集会関連。まだプログラム原稿提出は残ってるけどひとまずは片付いた、かな。

 午後過ぎ、セミナー(マ)。
 前半担当は、木村君で論文紹介、兼、研究計画。…だったはずなのだが、あまりに密度が薄すぎてアタマの中に話の中身があんまり残ってない。実質はたぶん10分くらいの内容を1時間弱かけたのだが、説明が冗長で長いというのではなくて、合間ごとに、前の内容を忘れるくらい長い沈黙が続くので、実に居た堪れない。僕の学部時代の発表と同じかそれ以下のレベルだった(僕の当時をご存知の方なら、この表現がどれだけ最悪の評価であるかが判るだろう)。

 前半担当は、冨樫君で修論の進捗報告。ここのところ立て続けにセミナー担当で準備が大変そうだ。あまりにユスリカのデータを説明する要因がないのにとうとうブチキレたらしく、野外で観察される群集構造パターンが環境要因なんぞで説明できると思ったら大間違いだ、という、フィールドでの観察パターンと生態学的プロセスを結びつけるのが仕事の生態学者に真っ向から喧嘩を売る内容に。
 …とまあ、そこまで挑発できればカッコよいのだが、実のところは、採れてない冬のデータであるとか、ユスリカの生活史特性などがもしかすると効いてるかもしれない、というところで纏められていた。


12月04日(Sun)

 昨日からとうとう市内でも日中から雪。これから春までは青葉山まで行くのが面倒な季節。

 午後過ぎ、研究室。
 計算条件を入れ替えたりしつつ、3月生態学会の自由集会宣伝ページの作成。まだ準備中だけどとりあえず公開。うまい感じに各演者のテーマ/手法/材料がバラケてくれたのはとても嬉しい(そこが趣旨の企画なんだけども)。…あれ、愛媛の人のサイト落ちてる?

 さて、そろそろ回収してある計算結果をマジメに整理していかないとなあ…。


12月02日(Fri)

 午後、研究室。
 メール書き、計算続き、その他こまごました作業。

 午後過ぎ、輪読会(占)。
 前半担当は、河内君でPtacnik et al(2004), "effects of micrzooplankton and mixotrophy in an experimental plamktonix food web", Limnol.Oceanogr, 49(4), 1435-1445.の紹介。筆頭著者のPtacnikは、かのS.Diehlのお弟子さんらしく、IG-predationが成立しにくいというDiehlのモデルを実証的に検証した研究内容。結果的には、IGpにおける競争的被食者の存続は不安定であるというモデル予測に対して、必ずしもそうではないらしいという実験検証を行っているのだけど、実験条件のレンジ次第、という気がする結果なのが微妙。

 後半担当は、冨樫君によるCottenie et al(2001)の紹介。流域下にある各池の生物多様性が、池間の移動分散で説明される部分もあれば、個別の局所的要因で説明されることもあるという内容。またまたLuc De Meessterの一連の研究の話。彼らが好んで用いるRedundancy Analysisは慣れてしまえばデータを拾える代物ではあるけど、毎度のことながら他にやりようはないのかなと思う。


12月01日(Thu)

 3月の生態学会にて企画中の自由集会。企画採用との通知がきた。といっても33企画(前年から7くらい増加)を考えれば、全部通ったみたいだが。

『生態学的化学量論を機軸とした捕食―被食関係の総合理解を目指す』
企画責任者:加藤聡史(東北大・院・生命科学)

色んな方に来て喋って貰って、アレもコレもという割と雑駁な構成の予定。マトモな宣伝ページは現在準備中。打診中のが全部片付いたあたり(すでに撃墜1)で立ち上げ予定。

 すでに撃墜1、のついでに、富樫君データな話をあれこれ。シミュレーションについては「意味ねー」とばっさり。いや、まったく仰るとーりなんですけどね。Morishita's Iδ(集中度指数)の異常な高さはどーすんですか、どうしよう、という感じで決着つかず。

 午前中、おしごと。
 本日で仕事納め。編成の大幅変更で来期の更新予定は未定というか望み薄。早い話がリストラで馘首。ううむ、困ったな。

 午後から、御呼ばれされて食事など同伴させて頂く。マワらない処なんて何年振りでしょうか、ご馳走様でした。
 同席の主賓の方が随分話しやすい方で始終その方と話していたのだけど、某組織を一から立ち上げたうちのお一人とかで、話を伺ううちにも、上品で柔らかい物腰ながら自負とか情熱とかバイタリティはすごい方だった。立志伝というのか、それを当人から聞かせて貰えるというのはエキサイティングな体験ではある。「来年定年でしょ。次は何しましょうねぇ」という発言を聞くまで、50前のおばちゃんかと思ってました。

 午後過ぎ、研究室。
 ひねもすメール書き。そんな日があっても仕方ないとは思うけど、ちっとも嬉しくない。

 …あ、また計算機の設定せずに帰宅してしまった。

 モデル:"摂餌選択と食物網(略)、続き。
 ぼちぼち計算などさせつつ、文献読みの続き。選択肢がぶちぶち消えていく感じで本筋の構成が固まりつつある。


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